氨基酸的同源性怎么看
氨基酸序列的同源性是 ： 从分子水平描述两个蛋白质分子的氨基酸序列间的相似程度，同源性 越高 分子相似度越大。
同源性须通过序列测定来检验
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同源性分析用氨基酸序列还是核苷酸序列？
都有啊。你想做蛋白质氨基酸序列的同源分析当然就用氨基酸序列了，做某段非蛋白编码序列的分析那肯定是用核苷酸序列啊。进化树我没正式地做过，这里就不多说了，我以前玩票的时候用的是AA序列。我呆的组做同源性分析（印象里都是针对编码蛋白质的基因）有时是cDNA序列，有时是AA序列，貌似用AA序列为多。做RNAi时测序的克隆比对时一般就直接用测序的核苷酸序列（我们RNAi的克隆一般是针对外显子设计的片段，sourcebioscience的线虫genomic library）。
一般来说，比较同源蛋白，用cDNA和蛋白序列都可以。只不过蛋白更能看出保守区域，核酸的话，可能突变比较多没有，而且只有四种，没有二十种的氨基酸靠谱。如果，做小的基因组的比较，比如病毒序列，一般用全基因组，即核酸进行进化分析。其实最重要的是你的物种直接的亲缘关系远近及对模型的了解，选择合适的方法。具体看杨子恒和其他大牛的书。树好画，理论解释比较难。
距离较远的序列比较用氨基酸序列更合适，进化距离很近的序列之间比较用核酸更合适。 亲缘关系较近的序列比较，如果用aa序列，很多同义突变的信息都会漏掉；而亲缘较远的序列之间做align，重要的是功能保守的domain要对齐，这个时候用aa序列就比dna序列方便一点。 我个人来说，如果可以用dna align好就尽量用dna，这个时候要再translate到aa也方便。有的序列可能用dna 不好align我才会用aa序列align。有了alignment再做树就简单了。就我个人经验，相同的序列DNA树要可靠一点，因为aa树受自然选择影响更大（也可能是和我研究的序列相似性较高有关）。
用什么软件分析核苷酸和氨基酸同源性
这与其编码蛋白的功能有关，常易被忽视。 采用反向PCR技术对阳性病料中的6株猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)进行全基因的扩增，得到18份PCV2阳性病料，说明ORF1非常保守。 应用Mega和CLUSTAL分析软件对分离株和国内外已发表的34株PCV2及2株PCV1序列进行比较.0％和98，得到长度为1768或1767bp的目的基因片段.9％～100.9％～100％和92Porcine circovirus type2(PCV2)不仅是引起仔猪断奶多系统衰竭征的主要病原体。本实验分离株皆属第二群，而且还与其它病症相关。 应用DNAstar序列分析软件对所测定的6株PCV2序列进行同源性分析.5％～100％，说明广西株与法国株亲缘关系较近，以美国和加拿大为代表的一群，这种可导致机体免疫抑制的病毒，分离株ORF1的核苷酸及氨基酸之间的同源性分别为96，其中两个与病毒的抗原表位相对应，分为两大群.1％～100％，两个基因型遗传距离上相对较远，以及以法国为代表的一群。
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