pymol是什么软件
Pymol 是一个结构显示和分析程序.
它是用python编写的所以叫pymol,相应的还有Jmol 等。
Pymol 的好处是做出来的图很炫。很多牛人用它做图发文章,蛋白质结构预测里面现在最牛的Baker,他们2005年Science的文章中那些漂亮的图可都是Pymol做出来的。
再者Pymol是开源的(1.0之前的版本现在还是开源的,1.0版以后可以申请教师用的免费版,现在版本是1.0),Python也是开源的。以后大家可以对Pymol进行扩展,打造自己的三维结构显示软件。
Pymol可以精确定量你的操作,并放在一个文件中(或者是记录这时的状态)。
下次你用Pymol再打开这个文件时,你做的图就会重新出现,你所做的一切都保留下来了,不用重新在做一遍。 不会出现这次做出的图比上次少转了3-5度这样的事。Pymol还可以对pdb文件进行编辑,修改,它选择原子、分子、残基等也非常方便! 还有很多好处比如从虚拟氨基酸突变,到ray方法产生真正的三维立体阴影图。
spdbv是干什么的
Swiss-PdbViewer是一个对蛋白进行显示和分析的软件。它直观地提供了大量的菜单以满足查看显示蛋白的结构。可以对活性部位及相关结构比较。使用直观图形和菜单可以简单地查看氨基酸突变、氢键、原子间距离、转折角度等信息。与在Geneva Glaxo Welcome Experimental Research运行的Swiss-Model相关联。 Swiss-PdbViewer可以同时导入和显示多个pdb文件的分子。每个分子有自己的“层”。可以很简单地通过菜单选择是否显示分子中的原子,显示那些原子、用什么颜色显示,显示主链骨架还是所有的原子都显示。通过鼠标可以实时旋转移动以显示分子位置。 与rasmol相比,本软件的优点就是直观显示、简单明了。可以轻松选择显示哪些原子。而rasmol要显示特定的原子或是显示一些特别的结构,需要用到命令行窗口,使用比较难记命令语句。
primer软件是干嘛的
Primer Premier软件的主要功能分四种,即引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA基元(motif)查找和同源性分析功能。前三种为其主要功能。此外,该软件还有一些特殊功能,其中最重要的是设计简并引物,另外还有序列"朗读"、DNA与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。
其他特点:
Primer Premier软件还可以针对模板DNA的来源以相应的遗传密码规则转换DNA和氨基酸序列。软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择。
有纤毛虫大核(Ciliate Macronuclear)、无脊椎动物线粒体(Invertebrate Mitochondrion)、支原体(Mycoplasma)、植物线粒体(Plant Mitochondrion)、原生动物线粒体(Protozoan Mitochondrion)、一般标准(Standard)、脊椎动物线粒体(Vertebrate Mito-chondrion)和酵母线粒体(Yeast Mitochondrion)。
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