棉花枯萎病、黄萎病在防治上应采用保护无病区，消灭零星病区，控制轻病区，改造重病区的策略，贯彻以“预防为主，综合防治”的方针，有效地控制病害的危害。
（一）保护无病区
1实现严格检疫制度，杜绝病害从各种途径传入。
包括严格禁止从病区调种，不从病区调运棉籽饼（冷榨）。在此项措施中，特别注意做产地检疫，确保种子不带菌。
2选用无病种子并进行种子消毒。
浓硫酸脱绒，抗菌剂“402”2000倍热液闷浸，用0.3%多菌灵胶悬剂浸种10-14小时，即可达到完全消毒。包衣种子由于包衣剂中含有多种杀菌药剂及农药，也可有效的杀死病源菌，预防病害大发生。
（二）消灭零星病区
新发病区应先在发病盛期普查，插杆标记，于收获后或生长季节进行土壤消毒处理。
方法是：单株病点一米见方四周培土，用50%的棉隆可湿性粉剂140克加水45公斤稀释后浇灌，药剂渗下后再盖一层表土。结合灌溉可掺入高锰酸钾等药剂，对杀灭病菌有一定的效果
注意问题：对病株要拔除烧掉。
（三）控制轻病区
（病株率在5%以下，并有多个小发病中心，平均每亩不超过200株）轻病区应以轮作为主，采用棉花与禾本科作物轮作3-4年（也可与其它经济作物轮作）。都可以有效压低土壤菌源，起到防病效果。尤其提倡水稻轮作，防病效果明显。在轮作基础上，同时采用抗病良种，施净肥，清除病残株等措施，不使病原菌扩展蔓延。
（四）改造重病区
重病区发病点多，较普遍。应采用种植抗病品种为主的措施。
1种植抗病品种
选用抗病品种是防病夺高产的根本途径。中植棉2号、农大156、冀丰106、冀杂566、冀1286等抗性比较好
2、加强田间管理
加强田间管理目的有两个，即减少病菌传播和提高植株抗性。具体做法：一是冬闲时期及时清除棉花地的棉柴、杂草及地面的剩余棉花残枝叶，防止病菌传播；二是秋耕深翻，把表层病菌翻到深层，病残体深埋地下，发酵分解，减轻发病。三是加强中耕，提高土壤通透性，尤其雨后及时中耕松土，散墒降湿，可降低病害发生。四是科学施肥，增施有机肥，实行氮磷钾配方施肥，增强棉花抗病能力，减轻危害。同时根据棉花长势，进行叶面喷肥，尤其避免后期出现脱肥现象；五是合理密植，严格防止棉株过密，影响通风透光，并及时整枝、化控，提高棉株抗逆性；六是拔除病株清除病残对病株残体，带到田外烧掉，不要作积肥材料。
3药剂防治
枯萎病的高发期是在棉花现蕾前后，一般在6月中下旬，若此时降雨量大，有利于枯萎病的大面积流行，因此在6月上旬就应该用药防治。黄萎病的高发期是在棉花花铃期，一般在7月下旬至8月上旬，因此在7月中旬(若之前有大雨，雨后应立即进行防治)就应该用药防治。一般药剂有多菌灵、甲基托布津、克黄枯、枯黄基因素、棉花三清等，并加营养调节剂如：磷酸二氢钾、硼锌肥、天丰素、鱼蛋白等，每次喷药间隔5-7天，连喷2-3遍，可有效预防两种病害的发生流行。重病地块用菌绝灌根或用12.5%速效治萎灵兑水50倍，穴施，苗期或发病初期灌根。
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