水稻按照留种方式，分为常规稻和杂交水稻。常规稻具备稳定的遗传特性，可以多年留种；而杂交水稻不同，杂种一代综合了父母本双方的优势，表现出高产、抗病、抗倒等优点，但不能留种。杂交水稻留种再种植会出现高度分离，田间植株高矮不一、抽穗不齐、抗病能力不一。常规稻与杂交水稻的差异不仅表现在生长上，在种子保管及使用上也有很大的差异。
讲种子保管前，先讲一下杂交稻种子与常规稻种子的繁育过程，便于更好地理解。杂交稻育种繁种过程繁琐，杂交稻种子生产要合理安排父母本的播种期确保花期相遇，通常要使用赤霉素（920）进行调节花期，而且用量还比较多。由于不育系（母本）的遗传特性，不育系的种子既难保管又难浸种催芽，同时开颖时间是常规稻的2-10倍，颖壳闭合能力弱，从而造成了杂交稻种子颖壳不闭合数量较多，种子成熟度不一致。
在实际生产上，常规条件下常规稻种子能贮藏保管的时间比杂交稻种子比长，一般杂交稻种子贮藏保管1年其发芽率就会明显下降。其原因主要有以下几点：
一是常规稻种子饱满，比较均匀，差异小，而杂交稻种子成熟度差异大，有的种子不饱满，易促进种子吸收水分而消耗营养。二是杂交稻种子颖壳不闭合数量较多，呼吸作用更强，带病带菌率更高。三是使用杂交稻种子生产过程中会使用比较多的赤霉素（920），种子内的赤霉素会影响到种子的萌发，若出现萌发的情况容易使种子发霉。四是杂交稻种子新陈代谢能力比较强，从而影响了种子能够贮藏的时间。
按照国家标准，常规稻种子发芽率不低于85%，杂交稻种子发芽率不低于80%，杂交稻种子发芽率的要求低于常规稻种子。一般来说，稻种成熟度（饱满程度）越一致，发芽越整齐，而常规稻种子饱满，成熟度比较均匀，相对会更好。当然，种子的发芽率与种子成熟期的天气也有很大关系，如2022年江苏地区在水稻成熟期降雨较多，有的倒伏或者种子萌发而影响发芽率，因此优良（常规）粳稻种子可能会紧缺。
粳稻品种有后熟期现象，对种子发芽存在一定的影响。籼粳杂交稻品种，由于粳稻的休眠基因会主导该品种的后熟状态，在实际生产中，常会遇到籼粳杂交稻的种子在刚收获时发芽率低，经过一段时间后，其发芽率又回升到正常的水平。
种子的发芽率还与很多原因有关，如种子贮藏时间（陈旧种子发芽差）、浸种时间过短或过长、催芽温度过低或过高等。由于不同品种的差异，有的杂交稻种子在浸种催芽技术要求较高，浸种催芽不当容易发生酒酸味，人为地降低了种子的发芽率。此外，每家每户贮藏常规稻自留种的条件千差万别，种子发芽率有高有低。
最后，杂交稻种子保管主要是育种企业的事，水稻生产上除了偶尔剩余少量种子，大多是临近生产一两月内买种子。通常制种收割后会充分晾晒干燥，然后入库（低温冷库）保存，所以平常使用杂交稻种子发芽率与常规稻种子没什么差别。不过差异既然存在，或多或少会对水稻种子使用带来一些问题，下期接着从浸种催芽方面谈。
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