针对规模化的畜禽养殖废水，在国内外的处理方法主要有处理达标排放和综合利用两大类。所谓综合利用，如生物质能多层次开发利用，它是发展新型能源的重要选择,是国际可再生能源领域的焦点；综合利用也是建设生态农业，保证农业可持续发展的好途径。
但是，因不同养殖场管理方式不一，在综合利用的过程中也会产生各种问题，如养殖废水成分复杂、水量大、出水污染物指标高、稀释用水量多以及受季节灌溉影响等。
而在处理达标排放这方面，虽然国内外所用的工艺流程大同小异，一般主要为固液分离-厌氧消化-好氧处理。但对于我国养殖行业来讲，建设该类废水处理设施所需的投资不低，且运行费用也较高。因此，探寻设施投资少、运行费用低和处理高效的养殖废水处理方法，已成为解决养殖业污染的关键所在。
无论养殖废水采用什么工艺进行处理，都必须首先经过固液分离，这是一道必不可少的工艺环节，其重要性及意义主要在于：首先，一般养殖场排放出来的废水中固体悬浮物含量很高，最高可达160000mg/L，相应的有机物含量也很高，通过固液分离可使液体部分的污染物负荷量大大降低；其次，通过固液分离可防止较大的固体物进入后续处理环节，防止设备的堵塞损坏等。
此外，在厌氧消化处理前进行固液分离也能增加厌氧消化运转的可靠性，减小厌氧反应器的尺寸及所需的停留时间，降低设施投资并提高COD的去除效率。固液分离一般包括：过滤拦截、离心分离、气浮、絮凝、重力沉降等技术。
目前，我国已有成熟的固液分离技术和相应的设备，其设备类型主要有板框机、厢式机、气浮机、隔膜和高压压滤机等。
由于养殖业废水属于高有机物浓度、高N、P含量和高有害微生物数量的三高废水。因此厌氧技术成为养殖废水处理中必不可少的关键工艺。
对于养殖场这种高浓度的有机废水，采用厌氧消化工艺可在较低的运行成本下有效地去除大量的可溶性有机物，COD去除率达85%——90%，而且能杀死传染病菌，有利于养殖场的防疫。
如果直接采用好氧工艺处理固液分离后的养殖业废水，虽然一次性投资可节省20%，但由于其消耗的动力大，电力流水消耗是厌氧处理的10倍之多，因此长期的运行费用将给养殖场带来沉重的经济负担。
目前用于处理养殖场粪污的厌氧工艺很多，其中较为常用的有以下几种：上流式厌氧污泥床（UASB）、厌氧滤器（AF）、复合厌氧反应器（UASB＋AF）、两段厌氧消化法和升流式污泥床反应器（USR）等。近年来，厌氧消化即沼气发酵技术已被广泛地应用于养殖场废物处理中，是目前实现资源化应用得最广泛的处理方法。
经过厌氧消化处理既可以实现无害化，同时还可以回收沼气和有机肥料，因此建设沼气工程将是中小型养殖场废水治理的最佳选择。
好氧处理是指利用好氧微生物处理养殖废水的一种工艺。好氧生物处理法可分为天然好氧处理和人工好氧处理两大类。天然好氧生物处理法是利用天然的水体和土壤中的微生物来净化废水的方法，亦称自然生物处理法，主要有水体净化和土壤净化两种。
前者主要有氧化塘（好氧塘、兼性塘、厌氧塘）和养殖塘等；后者主要有土地处理（慢速渗滤、快速法滤、地面漫流）和人工湿地等。自然生物处理法不仅基建费用低，动力消耗少，该法对难生化降解的有机物、氮磷等营养物和细菌的去除率也高于常规的二级处理，部分可达到三级处理的效果。
此外，在一定条件下，该法配合养殖废水灌溉可实现废水资源化利用。该法的缺点主要是占地面积大和处理效果易受季节影响等。但如果养殖场规模小且附近有废弃的沟塘和滩涂可供利用时，应尽量选择该方法以节约投资和处理费用。
人工好氧生物处理，即通过供氧设备以提高好氧微生物活力的废水处理方法。该方法主要有活性污泥法、生物滤池、生物转盘、生物接触氧化法、序批式活性污泥法（SBR）、厌氧/好氧（A/O）及氧化沟法等。
对于那些养殖规模大、废水产生量多且有较强经济能力的养殖场可选择A/O法，而对于中等规模的养殖场可选择接触氧化和生物转盘等好氧处理工艺。
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