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养殖生产中用药量不断增加，其后果影响到了水产品安全和产业的可持续发展。用微生物制剂改善养殖水体微生态环境受到人们越来越多的关注。低产养藻、高产养菌，在水产养殖过程中，合理及时的使用光合细菌，往往达能够达到小成本大收益的效果。
很多养殖户都能够理解到补菌的重要性，但为什么要用，有什么作用，如何培养，如何保存等等，并没有一个理性的认识，知其然，不知其所以然。
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光合细菌在水产养殖中的应用
1、养殖水体净化剂
光合细菌进入水体后，降解水体中的残存饲料、养殖动物排泄物、浮游生物残体及其它有机物；同时吸收利用水中的NH3、氨氮、亚硝酸盐、二氧化硫等溶解性有害物质，用以合成光合细菌菌体，避免固体有机物质的残留和有害物质的积累，起到改善水质的作用。此外光合细菌生长繁殖时，能通过吸收水体中的耗氧因子，提高水体中的溶解氧含量，从而对水体产生间接增加氧气的作用。
同时光合细菌大量繁殖促进浮游植物的生长，浮游植物光合作用产生的氧气增加了水体的氧含量。因此使用光合细菌能有效降低养殖水体COD ,增加水体溶氧量,从而改善了水环境,可降低养殖动物发病率,促进动物生长。由于使用光合细菌的种类、形式、浓度以及水质具体状况不同,其净水效果存在差异。
光合细菌净化水质时,其泼洒用量为5－15 mg/ L (含菌量3 亿-4 亿/ mL) ,用法是将光合细菌与20 倍的水混合后全池泼洒;也可将光合细菌与沙土搅拌均匀后洒于池底,投饵区与重度污染区可增加使用量和使用次数。
2、饵料生物
光合细菌可直接或间接用作鱼、虾蟹类育苗中的初期饵料。鱼苗培育成败的关键在于充足的开口饵料。在育苗池中施放的光合细菌可被浮游物捕食，而浮游动物又作为各种鱼类的开口饵料，被鱼苗摄食，从而能大幅度提高鱼苗的成活率。光合细菌的菌体无毒，营养丰富，个体较小，因此是枝角类和轮虫等饵料生物最适宜的饵料之一。
光合细菌 用于鱼虾幼体开口饵料时,其用量通常为50-100 mg/ L ,分早、晚2 次泼洒投喂; 光合细菌 做饲料添加剂时,用量通常为质量分数0. 2 %-2 % ,将菌液稀释后均匀喷洒在配合饲料或鲜活饲料上即可投喂。
3、 维护水体微生态平衡
鱼类的病害防治原则是：防重于治。在养殖过程中，将光合细菌投入水体以后，会迅速繁殖形成种群优势，通过食物、寄生场所的竞争和分泌抗生素类物质，从而抑制有害病菌的生长与繁殖，降低了病原菌的数量，维护水体的微生态平衡；
其次光合细菌能大量利用水中的氨氮，持续均匀地为有益藻类生长提供营养，有利于硅藻、绿藻得到生长优势，而蓝藻等其他杂藻受到抑制。
4、作为饲料添加剂
光合细菌不仅具有刺激鱼的非特异性免疫功能，提高鱼的免疫力，还可促进鱼的生长。光合细菌菌体营养丰富，蛋白质含量高且富含生物素。
作为饲料添加剂，光合细菌的使用量为1.2-3％，其方法是先将光合细菌用水稀释，后均匀喷洒于配合饲料或鲜活饵料上，拌匀立即投喂或阴干后备用。饲料在加工过程中不宜加入光合细菌，以免加工过程中的高温破坏菌体有效成份或将它们杀死。
5、间接增氧作用
光合细菌生长繁殖时，不需要氧气，也不释放氧气，它是通过吸收水体中的耗氧因子，如光合细菌可有效的利用残饵粪便等有机物经芽孢杆菌分解后产生的小分子，从而避免了这些小分子进一步的有氧转化，达到了间接地增加氧气的作用。
6、虾病防治
光合细菌除含丰富的蛋白质和维生素、微量元素外，还含有抗病毒因子及多种免疫促进因子，可活化机体的免疫系统，强化机体的应激反应，表现出抵抗疾病能力的提高，因此光合细菌具有提高水生生物免疫力的功能；
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