水产养殖中一般采用固体消毒剂和液体消毒剂来杀菌消毒，常见的固体消毒剂有二氧化氯、三氯异氰尿酸、溴氯海因、二溴海因等；常见的液体消毒剂有强酸碘、聚维酮碘、戊二醛、苯扎溴铵、二硫氰基甲烷等。
水产养殖杀菌消毒剂的选择：
1.漂白粉：漂白粉为次氯酸钙、氯化钙和氢氧化钙的混合物。漂白粉的主要成分次氯酸钙和水反应后生成性质不稳定的次氯酸，其杀菌作用主要依赖于分解产生的次氯酸和次氯酸根离子，次氯酸会立刻分解出活性氯和初生态氧，从而对细菌原浆蛋白产生氯化和氧化反应，发挥杀菌作用。
其杀菌消毒效力受水体中的有机物含量和pH的影响较大。
在酸性环境中杀菌作用增强，在碱性环境中杀菌作用减弱。
2.二氧化氯 (ClO2)：在常温下为淡黄色气体。既是一种氧化剂，又是一种含氯制剂。是继第一代消毒剂漂白粉、第二代消毒剂优氯精、第三代强氯精之后的第四代消毒剂。
二氧化氯的有效成分与病毒的衣壳蛋白之间有吸附作用，致使病毒颗粒表面聚集了高浓度的消毒分子，从而加强了它的杀灭作用。不但能用金属容器配制或贮存;切勿与酸类有机物、易燃物混放，以防自燃。
3.氧化剂类：高锰酸钾别名为灰锰氧、锰酸钾、锰强灰黑紫色结晶体，具有蓝色的金属光泽，无臭、易溶于水，液体为玫瑰色，利用分子结构中不稳定的结合态氧，遇到有机物或酶能释放出初生态氧，迅速使有机物氧化，使酶蛋白和原浆蛋白中的活性基团如巯基(-SH)氧化变为二硫键(-S-S)而失活，从而达到杀菌作用。
是一种极不稳定的强氧化剂。与某些有机物或易氧化物接触，易发生爆炸。?
4.季铵盐类：公认的低效消毒剂，容易产生耐药菌，不能杀灭革兰氏阴性菌。
消毒液自身易受微生物污染.不能杀灭芽孢,有残留，对铝制品有明显腐蚀性。
5.苯酚/煤酚皂 ：中效消毒剂,腐蚀性强，不易降解，对环境危害大。不能杀灭芽孢。
A/B级洁净区应使用需经除菌过滤。
水产养殖对体表杀菌用药，要根据水产养殖动物的种类加以选择，鱼的选择面最广，可以使用强氯精、溴氯海因、二溴海因、碘制剂、二氧化氯、戊二醛、苯扎溴铵等等，虾蟹的选择面较窄，可以使用碘制剂、二氧化氯、双氧水、戊二醛、苯扎溴铵等等。
可以用DCW次氯酸，这种杀菌溶液是盐和水电解生成，不仅杀菌速度快、范围广，同时杀菌后可降解成盐和水，无毒、无残留、无腐蚀，不刺激养殖水产。使用DCW次氯酸可以安装一台DCW次氯酸发生器，可以现场使用盐和水电解生成这种次氯酸，成本很低，1升500ppm的溶液成本只需2分钱，用多少生产多少，无需保存。
水产消毒要根据水产养殖的特点，在选择消毒剂时，主要考虑选择对病原体的杀灭力强，对鱼虾毒性小无损害，消毒物体易溶于水，在消毒的环境中比较稳定和使用方便常用的消毒剂，比较符合的有丹麦DCW杀菌溶液。
最常用的主要有几大类。氯类～漂白粉，强氯精等。
碘类～碘伏，高聚碘等。
醛类～戊二醛，甲醛等。强氧化剂～高锰酸钾，过硫酸钾，二氧化氯等。其他～生石灰等。根据不同用途，不同养殖品种，不同使用条件选择适宜的消毒剂类别。
例如有的品种对氯制剂敏感，就不能选它，有的池塘ph偏高，不宜选用生石灰。
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