杂交水稻根据不育系特性不同可分为三系杂交水稻（含不育系、保持系、恢复系）和两系杂交水稻（不育系和恢复系）。两系杂交水稻不育系育性与温光有关，不育系在长日高温下，不育系表现为雄性不育，不能自交结实，则需要借助恢复系的花粉，进行杂交生产，这种方式所生产总值是种子即为两系杂交种子。不育系在短日低温下则表现为可育，可自行繁殖。
1、栽插密度需要合理：两系杂交水稻分蘖一般在9个-11个，因此在栽插时需要合理密植，确保基本苗，若苗子过密则需要间苗，若苗子过稀则需要补苗，前期保证基本苗是确保后期丰收的关键（中上等肥力田块密度为16.5*26.5cm）。
2、两系水稻需肥与三系水稻相比较少，但施肥注意事项基本相同，即施足基肥，早些追肥，后期根据地力和田间生长情况确定是否补施穗肥，需要防后期贪青晚熟及施肥过量倒伏。
3、适时播种，对于一季中稻，播种时间需要避开早春低温及抽穗杨花期高温，早期播种若遇到低温会造成烂芽、缺苗等现象，抽穗杨花期遇到高温则会影响结实，造成后期空瘪粒。播种前可提前一周选择晴好天气晒种，有利于提高芽率，播种时注意浸种催芽，提前查看气象预报。一般播种在4月下旬至5月中上旬为宜。播种前亩试用复合肥50kg，尿素10kg。
4、适时移栽：两系杂交水稻一般30-35天左右进行移栽，一般移栽不要超过40天，移栽后结合除草剂早施分蘖肥（亩施用量尿素5-10kg），促进分蘖，并在移栽后25天-30天左右及时晒田，以减少无效分蘖，分蘖期间则保持浅水分蘖。
5、注意防治病虫害：长江流域主要防治水稻稻瘟病、纹枯病、稻曲病、普通矮缩病和条纹叶枯病。虫害有稻纵卷叶螟、螟虫和稻飞虱。
6、全田水分管理：浅水插秧、寸水活苗、有水分蘖、够苗搁田、深水抽穗、后期干湿交替。
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