编码氨基酸标准氨基酸的概念
四种DNA字母要编码20种氨基酸。绝不可能是一对一编码，也不可能是二对一编码，因为两个字母最多只能组成16种组合（4×4）。因此，最低要求是三个字母，也就是DNA序列里面最少要有三个字母对应到一个氨基酸，被称为三联密码，后来被克里克和西德尼·布伦纳证实。
但是这样看起来似乎很浪费，因为用四种字母组成三联密码，总共可以有64种组合（4×4×4），这样应该可以编码64个不同的氨基酸，那为什么只有20种氨基酸呢？一定有一个神奇的答案来解释为什么4种字母，3个一组，拼成64个单词，然后编码20种氨基酸。
1952年，沃森就曾写信告诉克里克：“DNA合成信使RNA（mRNA）， mRNA合成蛋白质。”克里克开始研究这一小段mRNA的字母序列，如何翻译成蛋白质里面的氨基酸序列。他认为mRNA可能需要一系列“适配器”来帮助完成翻译，每一个适配器都负责携带一个氨基酸。当然每一个适配器一定也是RNA，而且都带有一段“反密码子”序列，这样才能和mRNA序列上的密码子配对。
适配器分子也由RNA分子组成。它们现在叫作“转运RNA”或tRNA。现在整个工程变得有点像乐高积木，一块块积木接上来又掉下去，一切顺利的话，它们就会这样一个接一个地搭成精彩万分的聚合物。
随着实验技术进步而且越来越精密，在20世纪60年代中期许多实验室陆续解开了序列密码。然而经过一连串不懈的译码工作后，大自然却好像随兴地给了个潦草结尾，让人既困惑又扫兴。遗传密码子的安排一点也不具创意，只不过“简并”了（意思就是说，冗余）。有三种氨基酸可对应六组密码子，其他的则各对应一到两组密码子。每组密码子都有意义，还有三组的意思是“在此停止”，剩下的每一组都对应一个氨基酸。这看起来既没规则也不美，根本就是“美是科学真理的指南”这句话的最佳反证。甚至，我们也找不出任何结构上的原因来解释密码排列，不同的氨基酸与其对应的密码之间似乎并没有任何物理或化学的关联。
克里克称这套让人失望的密码系统为“冻结的偶然”，而大部分人也只能点头同意。他说这个结果是冻结的，因为任何解冻（试图去改变密码对应的氨基酸）都会造成严重的后果。一个点突变也许只会改变几个氨基酸，而改变密码系统本身却会从上到下造成天大灾难。就好似前者只是一本书里无心的笔误，并不会改变整本书的意义，然而后者却将全部的字母转换成毫无意义的乱码。克里克说，密码一旦被刻印在石板上，任何想改动它的企图都会被处以死刑。这个观点至今仍有许多生物学家认同。
《中国大百科全书（第2版）》读书笔记01197-氨基酸
氨基酸 amino acid
甘氨酸分子模型
一类既含氨基又含酸性基团的有机化合物。已发现的氨基酸、亚氨基酸有700余种，其中绝大多数是L-型的α-氨基酸。构成蛋白质的常见的氨基酸有20种，严格地说19种氨基酸和1种亚氨基酸是构成蛋白质所必需的。
丝氨酸分子模型
α氨基酸的结构如图所示。在同一个碳原子上同时接有氨基、羧基、氢原子和一个侧链基团（R）。最简单的氨基酸是甘氨酸（Gly），它的侧链基团都是氢原子。其他含有脂肪族侧链基团的有丙氨酸（Ala）、缬氨酸（Val）、亮氨酸（Leu）、异亮氨酸（Ile）；侧链含有脂肪族羟基的有丝氨酸（Ser）和苏氨酸（Thr）；侧链含有芳香族基团的有苯丙氨酸（Phe）、酪氨酸（Tyr）和色氨酸（Trp）；组氨酸（His）的侧链为咪唑基团。除了上述的中性氨基酸外，还有在中性环境带有正电荷的赖氨酸（Lys）和精氨酸（Arg）两种碱性氨基酸；谷氨酸（Glu）和天冬氨酸（Asp）是两种酸性氨基酸。后两种酸性氨基酸的侧链羧基为酰胺所代替时各成为谷氨酰胺（Gln）和天冬酰胺（Asn）。此外还有两个含硫的氨基酸，半胱氨酸（Cys）和甲硫氨酸（Met）。除Gly外，α-氨基酸都有两种异构体，分别称L型和D型。存在于蛋白质中的氨基酸都是L型。脯氨酸（Pro）是一个环亚氨基酸，它的结构见图中的（2）。此外，在蛋白质中还有很罕见的硒代半胱氨酸和吡咯赖氨酸。
异亮氨酸分子模型
蛋白质中的这些氨基酸均是由三联体核苷酸编码的。在蛋白质分子成熟过程中，有不少氨基酸的侧链经过酶的作用转变成它们的衍生物。这是蛋白质翻译后加工的一个重要内容。
脯氨酸分子模型
有些氨基酸，动物自身不能合成而必须从食物中获得，缺乏这些氨基酸会导致营养不良。这类氨基酸被称为必需氨基酸。对人体来说，必需氨基酸包括：Val、Leu、Ile、Thr、Phe、Trp、Lys和Met。而Arg和His仅是婴儿必需的，需适量补充。
色氨酸分子模型
α-氨基酸具有多种多样的性质。最主要的有两种。一是它们的氨基和羧基都能电离，可成为兼性离子。二是它们同时具有亲水-疏水性质。此外，它们形成α-螺旋和β折叠链的倾向也各不相同；它们的侧链R的大小也有很大差别；分子中的一些带负电性的原子还能形成氢键。这些性质对于蛋白质的结构和功能均产生很大的影响。
苯丙氨酸分子模型
除了参与蛋白质形成的常见的20种氨基酸外，在机体中还有其他多种多样的氨基酸。如高等动物代谢中间产物鸟氨酸和瓜氨酸，起激素作用的甲状腺素（即碘代酪氨酸），以及作为神经递质的γ氨基丁酸等。植物中也有许多种游离氨基酸，其功能多数尚不详。
赖氨酸分子模型
氨基酸不仅是机体中构成蛋白质的必不可少的组分，还是合成肽的原料和重要的试剂。还可用作调味剂、食物添加剂和药物。谷氨酸钠盐，即味精，世界年产量在30万吨左右。Gly可作甜味剂。许多种氨基酸的混合液是重要的急救药，用于补液。个别氨基酸也可药用。
缬氨酸分子模型
生产氨基酸的主要方法是发酵法，几乎找到了生产所有蛋白质中所含氨基酸的发酵菌。如L-Glu、L-Lys、L-Arg等都可以用发酵法生产。利用酶的专一性，可将其底物转变成相应的氨基酸糖。例如天冬氨酸酶可以将富马酸转变成L-Asp。微生物发酵法价格低廉，但是酶法的产物容易提纯。
天冬氨酸分子模型
摘自：《中国大百科全书（第2版）》第1册，中国大百科全书出版社，2009年
《中国大百科全书（第2版）》读书笔记01197-氨基酸
生物学家劳伦斯·赫斯特和斯蒂芬·弗里兰在20世纪90年代末把天然基因密码和计算机随机产生的几百万组密码拿去比对，结果轰动一时。他们想知道，如果发生点突变这种把一个字母换掉的变异，哪一套密码系统能保留最多正确的氨基酸，或将它代换成另一个性质相似的氨基酸。
结果他们发现，天然的基因密码最经得起突变的考验。点突变常常不会影响氨基酸序列，而如果突变真的改变了氨基酸，也会由另一个物理特性相似的氨基酸来取代。据此，赫斯特与弗里兰宣称，天然的遗传密码比成千上万套随机产生的密码要优良得多。它不但不是大自然密码学家愚蠢而盲目的作品，而是万里挑一的密码系统。
天然的三联基因密码的第一个字母都有特定的对应方式。举例来说，所有以丙酮酸为前体合成的氨基酸，它们密码的第一个字母都是T。所有由α-酮戊二酸所合成的氨基酸，其三联密码第一个字母都是C；所有由草酰乙酸合成的氨基酸，第一个字母都是A；最后，几种简单前体通过单一步骤所合成的氨基酸，第一个字母都是G。
三联密码的第二个字母和氨基酸是否容易溶于水有关，或者说和氨基酸的疏水性有关。亲水性氨基酸会溶于水，疏水性氨基酸不会溶于水，但会溶在脂肪或油里，比如溶在含有脂质的细胞膜里。所有的氨基酸，可以从“非常疏水”到“非常亲水”排列成一张图谱，而正是这张图谱决定了氨基酸与第二个密码字母之间的关系。疏水性最强的六个氨基酸里有五个，第二个字母都是T，所有亲水性最强的氨基酸第二个字母都是A。介于中间的有些是G有些是C。
三联密码的第三个字母不含任何信息，不管接上哪一个字母都没关系，这组密码子都会翻译出一样的氨基酸。以甘氨酸为例，它的密码子是GGG，但是最后一个G可以代换成T、A或C。
第三个字母的随机性暗示了一些有趣的事情。二联密码可以编码16种氨基酸。如果我们从20个氨基酸里拿掉5个结构最复杂的（剩下15个氨基酸，再加上一个终止密码子）这样前两个字母与这15个氨基酸特性之间的关联就更明显了。因此，最原始的密码可能只是二联密码，后来才靠“密码子捕捉”的方式成为三联密码，也就是各氨基酸彼此竞争第三个字母。
第一个字母和氨基酸前体之间的关系直截了当，第二个字母和氨基酸的疏水性相关，第三个字母可以随机选择。这套密码系统除了可以忍受突变，还可以降低灾难发生时造成的损失，同时可以加快进化的脚步。因为如果突变不是灾难性的，那应该会带来更多的好处。
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