1、菌种的处理：使用前必须进行预处理，方法是：按1公斤菌种兑掺15公斤麦麸，加水14公斤，混合拌匀后，堆积4-5小时就可使用。如当天使用不完，应推放于室内或阴凉处，降温防热，第二天继续使用，一般存放时间不宜超3天。麦麸也可用饼类、谷糠替代，但其数量应为麦麸的3倍，兑水应视不同用料的吸水量确定（以手轻握不滴水为宜）。
2、定植行下内置式秸杆生物反应堆：定植前在小行（种植行）下开沟，沟宽与小行相等，一般60厘米，沟深20-25厘米，沟长与小行长相等，起土分放两边，接着填加秸秆，铺匀踏实，厚度30厘米，沟两头露出10厘米秸杆，以便进氧气，填完秸秆后，按每沟所需菌种量均匀撒在秸秆上，用锨拍振一遍后，把起土回填于秸杆上， 然后灌沟浇水湿透秸秆，2-3天后，找平起垄，秸秆上土层厚度保持15厘米左右，然后按定植穴接种植物疫苗定植。盖膜后，按20厘米见方，用14#钢筋打孔，孔深以穿透秸杆层为准。内置反应堆每亩菌种用量6-8公斤（处理方法见后）。秸杆用量：4000-6000公斤。
3、内置反应堆操作的注意点：三足、一露、三不宜。三足：（1）秸杆用量要足；（2）菌种用量要足；（3）第一次浇水要足。一露：内置沟两端秸杆要露出茬头。三不宜：（1）开沟不宜过深；（2）覆土不宜过厚；（3）打孔不宜过晚。
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