棚室中高温、高湿的环境条件适宜病虫害的发生，在种植油麦菜的期间，常见病虫害有：霜霉病、灰霉病、油麦菜褐斑病、美洲斑潜蝇和烟粉虱。
1、霜霉病症状：幼苗和成株期均可发病，以成株期受害较重。病情由下部向上部蔓延，叶上初期形成淡黄色近圆形或多角形病斑，湿度大时，叶背病斑处长出白色霉层，病情严重将造成整叶干枯。使油麦菜失去商品价值。
防治方法：(1)农业防治合理密植，株行距15厘米×20厘米。控制棚室温度，及时放风散温，浇水后及时中耕。生长后期严禁大水漫灌。
(2)药剂防治有条件的采用5％百菌清粉尘剂喷粉，亩用量1千克，也可采用66.8％霉克可湿性粉剂600～800倍液，40％乙磷铝可湿性粉剂200～250倍液，或72.2％普力克水剂800倍液，均可喷雾，7～10天喷一次，连喷2～3次。
2、灰霉病症状：苗期染病，受害茎、叶呈水浸状腐烂；成株期染病，始于近地表的叶片，初呈水浸状，后迅速扩大，茎基腐烂，潮湿环境下，表面上生出灰褐或灰绿色霉层。
防治方法：(1)农业防治增温保温、控制湿度，防止植株表面结水膜，适当缩小昼夜温差，避免冷风侵袭。
(2)药剂防治预防时可用5％百菌清粉尘剂喷粉，亩用量1千克，或6.5％甲霉霜灵超细粉尘，亩用量1千克。用特立克600～800倍液或50％速克灵可湿性粉剂600～700倍液，或65％万霉灵1000倍液，发病初期轮换使用，喷雾防治。
3、褐斑病症状：主要为害叶片，初呈水浸状，后逐渐扩大成圆形至不规则形、褐色至暗灰色病斑。
防治方法：(1)农业防治避免偏施氮肥，适时喷施叶肥，促使植株健壮生长，增强病抗力。
(2)药剂防治75％百菌清可湿性粉剂1000倍液加70％甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液，或50％扑海因可湿性粉剂1500倍液喷雾进行防治，10～15天一次，连续防治2～3次。
4、美洲斑潜蝇症状：属双翅目，潜蝇科昆虫。成虫、幼虫均可为害，雌成虫飞翔把植物叶片刺伤，进行取食和产卵，幼虫潜入叶片取食叶肉，产生不规则蛇形虫道，叶绿素被破坏，影响光合作用，严重的引起叶干枯。
防治方法：(1)农业防治：清洁田园，将被美洲斑潜蝇为害作物的残体集中深埋、沤肥或烧毁。
(2)药剂防治：1.8％爱福丁乳油3000～4000倍液或48％乐斯本乳油1000倍液喷雾防治。
5、烟粉虱症状：是同翅目，粉虱科的害虫，它以成、若虫刺吸植物叶液，致使受害叶褪绿、萎蔫或枯死，并可传播病毒病。
防治方法：(1)农业防治：①棚室消毒，减少虫源。育苗前彻底清除棚室，用硫磺2千克～3千克/亩＋80％敌敌畏油0.25千克拌上锯末，分堆点燃，密封一昼夜，放风无味后才可使用。以消灭虫源。②秋冬扣棚时，设置60～80目的防虫网，阻止烟粉虱进入棚室。③利用烟粉虱的黄色趋性，在棚室、挂黄色诱虫板挂在高于作物的地方，板上涂10号油并隔几天清洗后再涂油，有一定诱杀作用，诱杀成虫。
(2)药剂防治：采用重虱灵熏杀。或选用高效、低毒、安全、低残留农药喷雾，连防3次，如用5％保绿杀或10％吡虫啉或5％大功臣可湿性粉剂2000倍液喷雾防治。
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