生态肥料的制作方法有多种，以下提供几种常见的制作方式：
利用废弃农作物秸秆
通过生物分解、复合、代换、活化、螯合作用，增高肥料的养分含量，使肥料养分全面，具有速效性和长效性，同时具有抗旱、抗寒、防病虫害等抗逆性，以及促进作物根系发育、刺激作物生长、早熟、高产等功效。
鸡粪和农作物秸秆发酵
将鸡粪与适量秸秆粉混合，掺入玉米面和菌种进行发酵。具体步骤包括混合、搅拌、堆肥、发酵成熟等，最终得到松散的干爽、长满白色菌丝的堆肥。
畜禽粪便发酵
利用鸡粪、猪粪、羊粪等畜禽粪便做原料，水分控制在40%左右，加入百益宝EM原液和玉米粉混合拌均倒碎，堆成条形堆，进行高温发酵，最终得到生态有机肥。
利用厨余垃圾等制作堆肥
收集厨余垃圾、枯叶、树枝等有机材料，在一个通风良好的地方建立肥料堆，定期翻动肥料堆，确保堆中的湿度适宜，当堆肥开始变黑并散发出类似泥土的气味时，表示堆肥已经开始分解，可用于施肥。
黄豆肥
将黄豆煮熟后晾凉至30-40度左右，装入干净的容器内，添加发酵粉和切碎的新鲜果皮，注入煮豆子的水或晾晒2天以上的自来水，密封搁置在温度偏高的地方进行发酵，最终得到无臭的黄豆水溶液，可用于浇花。
骨粉肥
收集鱼骨、腐烂的水果和蔬菜等材料，放在一个密闭的容器中，添加适量的水和糖，进行发酵，最终得到鱼肥，可直接喷洒在植物上提供营养。
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