菌棒替代肥料的方法有多种，以下是一些具体的方法和步骤：
饲料
废弃的菌棒含有较丰富的氨基酸和微量元素，经过短时间的发酵处理后，可以作为家畜的饲料。
肥料
废弃菌棒经过打碎，加入干鸡粪，然后进行发酵处理，可以产生有营养成分的肥料，满足庭院及农作物的使用。
沼气
利用废弃菌棒生产沼气，可以节省资源，废物转化，这种方式在很多农村得到应用。
制碳
废弃菌棒还可以用于制碳，有些地区甚至给出高价回收。
生物饲料
废弃菌棒可以经过破碎、搅拌、微生物接种等处理，转化为生物饲料，替代部分牲畜饲料中的玉米，降低成本。
堆肥发酵
将废菌棒进行破碎、搅拌后，进行堆肥发酵，在微生物的作用下分解为有机物质，形成肥料。
直接使用
废菌棒经过破碎、晒干、粉碎等处理后，可以直接与土壤混合使用，但需要注意充分处理以避免对植物造成负面影响。
有机肥生产原料
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