在大面积基地生产中，南瓜一代杂种的利用正在逐步取代常规种，南瓜的一代杂种制种简单，增产效果又很明显，因此应大力推广。育成一个优良的一代杂种，一般需要经过原始材料筛选、选育优良自交系、确定杂交组合、生产杂种种子4个程序。选定了优良杂交组合后，就可以每年利用这些自交系生产一代杂种种子。在隔离区内如果配制一个杂交组合，可把作母本的自交系在田间按2～3行母本一行父本种植，晚熟的中国南瓜和印度南瓜，植株生长极旺，蔓容易缠绕在一起，父母本可以分片种植。
(1)人工授粉制种
在同一块田里有两个以上父本配制多个杂交组合，或周围还有生产田的南瓜等情况，就需要采用人工授粉的办法。南瓜花大，捆花和授粉工作简单省工，具体做法是将在下午用发卡卡住第二天即将开放的雌雄花花冠，或用保险丝捆住，第二天早晨授粉，授完粉后雌花仍需卡住。一个普通劳动力半天可授粉200～300朵花，一个瓜结100～400粒种子，可得到8万～9万粒种子，足够种6～7亩。所以南瓜的人工授粉是很经济的。为了确保种瓜有足够的时间生长发育，授粉时尽量用前期的雌花，即第2～3朵雌花，授粉时间可持续7～10天。
(2)人工去雄，自然授粉
此法适用于矮生的南瓜品种，植株紧凑，花集中。另外需要隔离条件，隔离区内无其他品种的南瓜生长。南瓜的花从长出到开放，需要15天左右，在这段时间里，将母本上的雄花全部摘除，并在开花之前仔细检查，切勿遗漏。这样就能保证母本上收获的种瓜都是经过杂交的。作为父本的自交系仍保存有雄花和雌花，通过本系统内株间混合授粉而结瓜，因此在获得杂交种子的同时，还获得父本的自交系种子。至于母本的自交系种子，需要在另外的隔离区繁殖。
(3)化学去雄，自然授粉
矮生的无蔓南瓜制种还可以利用乙烯利去雄，既省工又简单。乙烯利去雄的方法是在母本4～5片叶时，喷洒浓度为400毫克/升的乙烯利溶液，7～10天后再喷一次。这样母本株出现的花基本上都是雌花。种株开花后，还可借助昆虫进行自然授粉。由于乙烯利去雄不可能十分彻底，还会有少量雄花出现，因此应在蕾期及时摘除，免得出现假杂种。化学去雄也必须有1000米距离的隔离区。无论人工去雄还是化学去雄，在借助昆虫授粉的同时，应以人工辅助授粉。
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