近年来西瓜病害发生严重，以至于在西瓜尚未完全成熟时，有些地块的西瓜叶片便枯死殆尽，严重影响西瓜的产量和质量。主要原因是不少瓜农对西瓜病害重治不重防，往往在西瓜病害大发生才施以药剂，当然为时已晚。种子是传播病害的重要途径之一，许多西瓜病害都可以通过种子传播，所以防治西瓜病害要从种子消毒开始。
一、强光晒种在春季，选择晴朗无风的天气，把种子摊在草席或报纸上，厚度不超过1厘米，使其在阳光下暴晒，每隔2小时翻动一次，使其受光均匀。阳光中的紫外线对种子上的病菌有一定的杀伤作用。晒种时不要将种子放在水泥板、石板、铁板等物体上，以免影响种子的发芽率。晒种除有一定的杀菌作用外，还可促进种子后熟，增强种子的活力，提高发芽率。
二、温水烫种将种子放入55℃的温水中烫15分钟，并不断地搅拌，然后令其自然冷却，再浸种4～6小时。浸烫15分钟后，基本上可杀死附着在种子上的病菌、病毒，可预防西瓜的花叶病毒病等病害。在没有温度表的情况下可用2份开水对1份冷水，将手伸入水中感到烫手但又能忍受，这样的温度为55℃左右。
三、药剂消毒即把可能带有病菌的种子，浸入能杀灭病菌的药液中。下面几种方法可根据情况选用：
(一)用抗菌剂401浸种，可以杀死种子上带有的枯萎病菌和炭疽病菌。方法是将种子放入10%抗菌剂401配制的500倍液中，浸泡30分钟，捞出后用清水冲洗干净，再转入浸种催芽。
(二)用多菌灵浸种，可以预防炭疽病。方法是用50%多菌灵可湿性粉剂配制成500倍液，将种子浸入其中1小时，取出后用清水冲洗干净，再转入浸种催芽。
(三)用漂白粉消毒，可以杀死多种病菌，尤其是对角斑病菌等细菌性病害的病菌杀灭效果好。方法是把漂白粉配成2%～4%的漂白粉液，将西瓜种子浸泡其中30分钟，捞出后用清水冲洗干净，再转入浸种催芽。
(四)用代森铵浸种，可预防炭疽病等多种病菌。方法是先将50%代森铵水剂配成500倍液，再把西瓜种子放入其中浸泡30～60分钟，捞出后用清水冲洗干净，再转入浸种催芽。
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