要保证芝麻种子高度的发芽率和种子的食用品质，必须做到合理贮藏。最主要的是注意水分和温度的变化，防止仓库害虫、寄生菌类和老鼠的危害。
芝麻种子贮藏的安全水分一般为7%左右。种子水分过高容易在贮藏中发热，使种子脂肪分解，引起霉菌寄生和虫蚀。因此，入库贮藏之前，必须做好下列几项工作：一是清洁仓库环境，进行消毒处理；二是将种子风干去杂，晒种过筛，去掉易吸潮的夹杂物质；三是贮藏地点必须通风干燥，下面用隔潮物垫底。采取囤藏的必须把芝麻种子堆平并加防潮覆盖物，可用细干砂、谷壳糠类，或用麻布、防雨布等。
入库后，要经常检查堆中的温度变化，一般只要种子干燥，防潮措施严密，种子处在密闭之下，既防潮又与外界隔绝，种温变化不会太大。这是由于种子的呼吸，作用会逐渐耗尽种子堆中的氧气，使二氧化碳增多。种子的呼吸作用减弱，这样就可以减少种子中物质的消耗，同时可抑制好气性的霉菌和害虫，减轻危害，保存种子的品质。在冬季低温情况下，应打开仓库进行通风，使种温降低，并有效地消灭害虫和抑制病菌。农户留种贮藏，以袋装贮藏较为适宜。
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