偏码氨基酸
四种DNA字母要编码20种氨基酸。绝不可能是一对一编码，也不可能是二对一编码，因为两个字母最多只能组成16种组合（4×4）。因此，最低要求是三个字母，也就是DNA序列里面最少要有三个字母对应到一个氨基酸，被称为三联密码，后来被克里克和西德尼·布伦纳证实。
但是这样看起来似乎很浪费，因为用四种字母组成三联密码，总共可以有64种组合（4×4×4），这样应该可以编码64个不同的氨基酸，那为什么只有20种氨基酸呢？一定有一个神奇的答案来解释为什么4种字母，3个一组，拼成64个单词，然后编码20种氨基酸。
1952年，沃森就曾写信告诉克里克：“DNA合成信使RNA（mRNA）， mRNA合成蛋白质。”克里克开始研究这一小段mRNA的字母序列，如何翻译成蛋白质里面的氨基酸序列。他认为mRNA可能需要一系列“适配器”来帮助完成翻译，每一个适配器都负责携带一个氨基酸。当然每一个适配器一定也是RNA，而且都带有一段“反密码子”序列，这样才能和mRNA序列上的密码子配对。
适配器分子也由RNA分子组成。它们现在叫作“转运RNA”或tRNA。现在整个工程变得有点像乐高积木，一块块积木接上来又掉下去，一切顺利的话，它们就会这样一个接一个地搭成精彩万分的聚合物。
随着实验技术进步而且越来越精密，在20世纪60年代中期许多实验室陆续解开了序列密码。然而经过一连串不懈的译码工作后，大自然却好像随兴地给了个潦草结尾，让人既困惑又扫兴。遗传密码子的安排一点也不具创意，只不过“简并”了（意思就是说，冗余）。有三种氨基酸可对应六组密码子，其他的则各对应一到两组密码子。每组密码子都有意义，还有三组的意思是“在此停止”，剩下的每一组都对应一个氨基酸。这看起来既没规则也不美，根本就是“美是科学真理的指南”这句话的最佳反证。甚至，我们也找不出任何结构上的原因来解释密码排列，不同的氨基酸与其对应的密码之间似乎并没有任何物理或化学的关联。
克里克称这套让人失望的密码系统为“冻结的偶然”，而大部分人也只能点头同意。他说这个结果是冻结的，因为任何解冻（试图去改变密码对应的氨基酸）都会造成严重的后果。一个点突变也许只会改变几个氨基酸，而改变密码系统本身却会从上到下造成天大灾难。就好似前者只是一本书里无心的笔误，并不会改变整本书的意义，然而后者却将全部的字母转换成毫无意义的乱码。克里克说，密码一旦被刻印在石板上，任何想改动它的企图都会被处以死刑。这个观点至今仍有许多生物学家认同。
病毒变异对疫苗影响
科研人员近日在印度奥里萨邦发现73个新冠病毒毒株的新型变种，日本科研人员也发现本国有多种变异的新冠病毒，其基因序列都与已知病毒亚型存在一定差异。这么多变异的新冠病毒对疫苗研发有什么影响？全球正在开发的多种疫苗，会不会无法预防病毒变种对人体的入侵？记者昨天采访了上海交大医学院上海市免疫学研究所教授、上海市免疫学会副理事长王颖。
新冠病毒属于单链RNA（核糖核酸）病毒，在宿主细胞内复制过程中，RNA复制酶的保真性比较差，所以容易产生基因突变。不过目前看来，成熟的新冠病毒和SARS（严重急性呼吸综合征）病毒一样，其突变比例相对较低，低于常见的流感病毒。
“公众不必对新冠病毒的变异感到恐慌，这些变异造成疫苗研发失败的可能性是比较小的。”王颖分析说，因为从目前正在研发的疫苗类型来看，如果是灭活病毒疫苗，那么灭活病毒上所含有的表位数量众多，足以诱导免疫保护作用；如果以病毒关键蛋白作为候选疫苗靶蛋白，那么需要对这些突变的位点做进一步分析，判断是否会让在研疫苗失效。
据介绍，用于新冠疫苗研发的靶蛋白基本上是两种——S蛋白（刺突蛋白）和N蛋白（核衣壳蛋白），它们可以诱导产生免疫保护。以S蛋白为例，新冠病毒正是通过这种蛋白质与人体细胞表面的ACE2（血管紧张素转化酶2）结合，从而入侵细胞。将靶标为S蛋白的新冠疫苗注射入人体后，免疫系统所产生的抗S蛋白抗体就会阻断病毒进入宿主细胞。与此同时，抗S蛋白的免疫记忆可以使免疫过的个体再次感染后，迅速产生特异性抗体，从而阻止病毒进一步感染人体细胞，起到免疫保护作用。
因此，新冠病毒基因突变如果未造成编码蛋白的序列改变，就不会影响蛋白质诱导免疫，那么疫苗对突变病毒仍然是有效的。这类不影响编码氨基酸序列的基因突变叫作“无义突变”，而对所编码的氨基酸有改变的突变称为“有义突变”。王颖指出，“有义突变”还可以分为两种情况：一种是突变的氨基酸残基确实会影响蛋白质的免疫原性，即诱导特异性免疫反应；另一种情况是所发生突变的氨基酸并非位于主要表位区，对疫苗诱导产生免疫保护作用的影响不大。
由此可见，我们要辩证看待不断出现的新冠病毒变异研究结果。一方面，公众不必感到恐慌，因为目前在研疫苗有足够多的位点可以产生免疫保护作用；另一方面，疫苗研发人员应关注新冠病毒变异的进展，探究这些基因突变的生物学意义，从而在疫苗研发中更全面地把握候选疫苗设计，确保能诱导足够的免疫保护作用。
王颖还表示，新冠病毒的变异可能具有一定地域性，这种地域性与人种的遗传背景有关，所以在印度发现的73个新型变种，在中国流行的可能性不大。这意味着我国企业和科研机构开发的疫苗如果只是针对中国人群，那么主要关注的就是中国流行株。如果国产疫苗今后要出口到不同流行株的国家和地区，就需要结合当地流行株进行更有针对性的设计和研究。(记者 俞陶然)
原标题：科研人员在印度、日本发现大量新冠病毒变种
病毒变异会让在研疫苗失效吗
病毒变异会让在研疫苗失效吗,病毒变异对疫苗影响
生物学家劳伦斯·赫斯特和斯蒂芬·弗里兰在20世纪90年代末把天然基因密码和计算机随机产生的几百万组密码拿去比对，结果轰动一时。他们想知道，如果发生点突变这种把一个字母换掉的变异，哪一套密码系统能保留最多正确的氨基酸，或将它代换成另一个性质相似的氨基酸。
结果他们发现，天然的基因密码最经得起突变的考验。点突变常常不会影响氨基酸序列，而如果突变真的改变了氨基酸，也会由另一个物理特性相似的氨基酸来取代。据此，赫斯特与弗里兰宣称，天然的遗传密码比成千上万套随机产生的密码要优良得多。它不但不是大自然密码学家愚蠢而盲目的作品，而是万里挑一的密码系统。
天然的三联基因密码的第一个字母都有特定的对应方式。举例来说，所有以丙酮酸为前体合成的氨基酸，它们密码的第一个字母都是T。所有由α-酮戊二酸所合成的氨基酸，其三联密码第一个字母都是C；所有由草酰乙酸合成的氨基酸，第一个字母都是A；最后，几种简单前体通过单一步骤所合成的氨基酸，第一个字母都是G。
三联密码的第二个字母和氨基酸是否容易溶于水有关，或者说和氨基酸的疏水性有关。亲水性氨基酸会溶于水，疏水性氨基酸不会溶于水，但会溶在脂肪或油里，比如溶在含有脂质的细胞膜里。所有的氨基酸，可以从“非常疏水”到“非常亲水”排列成一张图谱，而正是这张图谱决定了氨基酸与第二个密码字母之间的关系。疏水性最强的六个氨基酸里有五个，第二个字母都是T，所有亲水性最强的氨基酸第二个字母都是A。介于中间的有些是G有些是C。
三联密码的第三个字母不含任何信息，不管接上哪一个字母都没关系，这组密码子都会翻译出一样的氨基酸。以甘氨酸为例，它的密码子是GGG，但是最后一个G可以代换成T、A或C。
第三个字母的随机性暗示了一些有趣的事情。二联密码可以编码16种氨基酸。如果我们从20个氨基酸里拿掉5个结构最复杂的（剩下15个氨基酸，再加上一个终止密码子）这样前两个字母与这15个氨基酸特性之间的关联就更明显了。因此，最原始的密码可能只是二联密码，后来才靠“密码子捕捉”的方式成为三联密码，也就是各氨基酸彼此竞争第三个字母。
第一个字母和氨基酸前体之间的关系直截了当，第二个字母和氨基酸的疏水性相关，第三个字母可以随机选择。这套密码系统除了可以忍受突变，还可以降低灾难发生时造成的损失，同时可以加快进化的脚步。因为如果突变不是灾难性的，那应该会带来更多的好处。
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