氨基酸之间
生物学家劳伦斯·赫斯特和斯蒂芬·弗里兰在20世纪90年代末把天然基因密码和计算机随机产生的几百万组密码拿去比对，结果轰动一时。他们想知道，如果发生点突变这种把一个字母换掉的变异，哪一套密码系统能保留最多正确的氨基酸，或将它代换成另一个性质相似的氨基酸。
结果他们发现，天然的基因密码最经得起突变的考验。点突变常常不会影响氨基酸序列，而如果突变真的改变了氨基酸，也会由另一个物理特性相似的氨基酸来取代。据此，赫斯特与弗里兰宣称，天然的遗传密码比成千上万套随机产生的密码要优良得多。它不但不是大自然密码学家愚蠢而盲目的作品，而是万里挑一的密码系统。
天然的三联基因密码的第一个字母都有特定的对应方式。举例来说，所有以丙酮酸为前体合成的氨基酸，它们密码的第一个字母都是T。所有由α-酮戊二酸所合成的氨基酸，其三联密码第一个字母都是C；所有由草酰乙酸合成的氨基酸，第一个字母都是A；最后，几种简单前体通过单一步骤所合成的氨基酸，第一个字母都是G。
三联密码的第二个字母和氨基酸是否容易溶于水有关，或者说和氨基酸的疏水性有关。亲水性氨基酸会溶于水，疏水性氨基酸不会溶于水，但会溶在脂肪或油里，比如溶在含有脂质的细胞膜里。所有的氨基酸，可以从“非常疏水”到“非常亲水”排列成一张图谱，而正是这张图谱决定了氨基酸与第二个密码字母之间的关系。疏水性最强的六个氨基酸里有五个，第二个字母都是T，所有亲水性最强的氨基酸第二个字母都是A。介于中间的有些是G有些是C。
三联密码的第三个字母不含任何信息，不管接上哪一个字母都没关系，这组密码子都会翻译出一样的氨基酸。以甘氨酸为例，它的密码子是GGG，但是最后一个G可以代换成T、A或C。
第三个字母的随机性暗示了一些有趣的事情。二联密码可以编码16种氨基酸。如果我们从20个氨基酸里拿掉5个结构最复杂的（剩下15个氨基酸，再加上一个终止密码子）这样前两个字母与这15个氨基酸特性之间的关联就更明显了。因此，最原始的密码可能只是二联密码，后来才靠“密码子捕捉”的方式成为三联密码，也就是各氨基酸彼此竞争第三个字母。
第一个字母和氨基酸前体之间的关系直截了当，第二个字母和氨基酸的疏水性相关，第三个字母可以随机选择。这套密码系统除了可以忍受突变，还可以降低灾难发生时造成的损失，同时可以加快进化的脚步。因为如果突变不是灾难性的，那应该会带来更多的好处。
rna和蛋白质主要功能
《自然》5月11日发表的一项最新研究称，化学家已经解决了生命起源理论中的一个关键问题，证明了RNA分子可以将短链氨基酸连接在一起。
德国杜塞尔多夫大学研究分子进化的Bill Martin表示，这一发现为探索早期化学进化开辟了广阔而全新的途径。
该研究支持了在“RNA世界”假说基础上的另一种说法。“RNA世界”假说认为，在DNA及其编码的蛋白质进化之前，第一个生物体是基于RNA链的。标准理论认为，在“RNA世界”里，生命可能以复杂的原始RNA链形式存在，它们既能复制自己，又能与其他链竞争。后来，这些“RNA酶”可能进化出了制造蛋白质的能力，并最终将它们的遗传信息转化为更稳定的DNA。
但该过程是如何发生的仍旧是个谜，部分原因是仅仅由RNA组成的催化剂的效率远远低于今天在所有活细胞中发现的蛋白质酶的效率。该研究通讯作者、慕尼黑大学有机化学家Thomas Carell认为，尽管发现了RNA催化剂，但它们的催化能力依然很差。
在研究这个难题时，研究人员受到RNA在所有现代生物体制造蛋白质过程中所起作用的启发：编码基因的RNA链（通常是由DNA碱基序列复制而来）通过核糖体生成一个氨基酸，形成相应的蛋白质。
与大多数酶不同，核糖体本身不仅由蛋白质组成，还由RNA片段组成，这些片段在合成蛋白质中起重要作用。此外，核糖体包含标准RNA核苷A、C、G、U的修饰版本。
研究人员通过连接活细胞中常见的两段RNA，构建了一种合成RNA分子，其中包括两种经过修饰的核苷。在第一个特异核苷位点，合成分子可以与一个氨基酸结合，然后氨基酸侧移与邻近的第二个特异核苷结合。随后，研究人员分离了原来的RNA链，并引入了一个新的RNA链，该RNA链携带自己的氨基酸，并与之前附着在第二个RNA链上的氨基酸形成强共价键。
这个过程一步步进行，最终生成了一条短的氨基酸链，即迷你蛋白质——肽，并附着在RNA上。氨基酸间化学键的形成需要能量，研究人员则通过在溶液中用各种反应物激发氨基酸来提供能量。
Martin表示，这是一个非常令人兴奋的发现。“不仅因为它为基于RNA的肽的形成指明了一条新路径，还揭示了自然发生的RNA修饰碱基的新的进化意义。”Martin补充说，该结果表明RNA在生命起源中发挥了重要作用。
美国佐治亚理工学院生物物理化学家Loren Williams对此表示赞同。他认为，如果RNA的起源和蛋白质的起源是联系在一起的，而且它们的出现不是独立的，那么这就会从根本上支持“RNA —蛋白质世界”，而远离“RNA世界”。
为了证明这是一种合理的生命起源，科学家必须进一步完成几个步骤。该团队在RNA上形成的肽是由氨基酸的随机序列组成的，而不是由存储在RNA中的信息决定的。Carell说，更大的RNA结构可以折叠成在特定位置“识别”特定氨基酸的形状，产生确定的结构。这些复杂的RNA—肽混合物可能具有催化性能，并受进化压力的影响，变得更有效率。Carell认为，如果分子可以复制，便会有类似微型有机体的生物产生。
（辛雨）
来源： 中国科学报
科学家提出RNA—蛋白质是生命世界起源,简述dna,rna和蛋白质主要功能
我们找不出任何结构上的原因来解释密码排列，不同的氨基酸与其对应的密码子之间似乎并没有任何物理或化学的关联，克里克称细胞的这套密码系统为“冻结的偶然”。
但是大自然的“偶然”密码系统却给克里克带来一个问题。为什么只有一个偶然？为什么不是好多个偶然？如果这套密码系统是随机产生的，那理论上它不会优于其他密码系统，因此也不会有什么自然选择“瓶颈效应”让这套密码系统胜出。用克里克的话来说就是：“其优势远超其他密码系统，因而独活下来”。但是既然没有选择的瓶颈，那为什么现今没有好几套密码系统，存在于不同的生物体内呢？
答案很明显，那就是地球上所有的生物都是来自同一个共祖，而这套密码系统早在共祖身上就决定好了。更哲学一点的说法就是，生命只在地球上诞生了一次，才使得这套密码系统看上去如此独特、罕见甚至反常。
对于克里克而言，这暗示了一次感染、一次播种。他猜测生命是由某个外星生物，将一个类似细菌的东西播种到地球上。他甚至进一步推测，认为细菌是外星人用宇宙飞船送到地球上的，他称这一理论为“定向泛种论”，并在1981年出版的《生命：起源与本质》里详细阐述了该理论。如同科普作者马特·里德利给克里克写的传记所说：“这个主题让许多人大开眼界。伟大的克里克竟写出外星生命乘坐宇宙飞船在宇宙间播种的故事，他是被成功冲昏头了吗？”
偶然密码系统这样的概念，是否可以证明上述的生命观，取决于个人判断。但这个理论是在说，密码本身并不需要任何优势或劣势来决定能不能突破瓶颈，只需某种偶然情况就可以选择某些特定生命，甚至是某些不可思议的意外，比如小行星撞击地球，就可以毁灭掉所有生命只留下一种，然后就产生了一套唯一的密码系统。
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