氨基酸同源性比对（氨基酸共性）

　　本文目录一览：
1、序列的相似性与同源性有什么区别与联系

2、同源性分析用氨基酸序列还是核苷酸序列？

3、氨基酸的同源性怎么看

4、如何做不同物种间核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比对

序列的相似性与同源性有什么区别与联系
一、区别

　　1、概念不同

　　同源性（homology）：进化过程中源于同一祖先的分支之间的关系，同源性是来描述物种之间的进化关系的，所以在同源性的表达中只能用“有”或者“无”，对于有同源性的物种可以描述为“部分同源”或者“完全同源”。

　　相似性（similarity）：是指所检测的序列与目标序列之间相同的碱基或氨基酸占整个序列的比例（相对宏观的一个描述）。在氨基酸序列比对中相似性还包括，除了完全相同的残基外，在对应位置的两个残基是否具有相似的特性，如侧链基团的大小、电荷性、亲疏水性等。

　　比如在氨基酸序列的比对中（以vector NTI为例），完全相同的氨基酸都会被标为黄色，特性相似的氨基酸会被标为绿色。

　　2、表达方式不同

　　同源性的表达中只能用“有同源性”或者“无同源性”，对于有同源性的物种可以描述为“部分同源”或者“完全同源”。

　　相似性可以表达为“两条序列具有80%的相似性”，表示所检测的序列与目标序列之间相同的碱基或氨基酸占整个序列的比例为80%。

　　二、联系

　　相似性与同源性的氨基酸或核苷酸序列通常有显著的一致性（identity），如果两条序列有一个共同的进化祖先，那么它们是同源的。这里不存在同源性（homology）的程度问题，两条序列要么是同源的要么是不同源的。

　　同源性（homology）这个概念不能量化，“两条序列具有同源性”或者“不具有同源性”。而相似性（similarity）和一致性（identity）可以看作是从不同的角度对同源性的量化指标。

　　一般地，两条序列之间的相似性（similarity）的程度会大于一致性（identity）的程度。一般来说，序列之间的相似性（similarity）和一致性（identity）越高，序列之间同源的可能性越大。

　　扩展资料：

　　同源性的特性：

　　同源性是比较生物学中的一个中心概念。同源，最基本的意义就是具有共同祖先。一般来说，如果两个物种中有两个性状（状态）满足以下两个条件中的任意一个，就可以称这两个性状为一对同源性状：

　　1、它们与这些物种的祖先类群中所发现的某个性状相同；

　　2、它们是具有祖先—后裔关系的不同性状。

　　由于进化上或个体发育上的共同来源而呈现的本质上的相似性，但其功能不一定相同，如狗的前肢和鸟的翅。从分子水平讲则是指两个核酸分子的核苷酸序列或两个蛋白质分子的氨基酸序列间的相似程度。

　　虽然同源性须通过序列测定来检验，但是DNA-DNA或DNA-RNA杂交可提供有价值的估计。

　　同源性分析用氨基酸序列还是核苷酸序列？
都有啊。你想做蛋白质氨基酸序列的同源分析当然就用氨基酸序列了，做某段非蛋白编码序列的分析那肯定是用核苷酸序列啊。进化树我没正式地做过，这里就不多说了，我以前玩票的时候用的是AA序列。我呆的组做同源性分析（印象里都是针对编码蛋白质的基因）有时是cDNA序列，有时是AA序列，貌似用AA序列为多。做RNAi时测序的克隆比对时一般就直接用测序的核苷酸序列（我们RNAi的克隆一般是针对外显子设计的片段，sourcebioscience的线虫genomic library）。

　　一般来说，比较同源蛋白，用cDNA和蛋白序列都可以。只不过蛋白更能看出保守区域，核酸的话，可能突变比较多没有，而且只有四种，没有二十种的氨基酸靠谱。如果，做小的基因组的比较，比如病毒序列，一般用全基因组，即核酸进行进化分析。其实最重要的是你的物种直接的亲缘关系远近及对模型的了解，选择合适的方法。具体看杨子恒和其他大牛的书。树好画，理论解释比较难。

　　距离较远的序列比较用氨基酸序列更合适，进化距离很近的序列之间比较用核酸更合适。 亲缘关系较近的序列比较，如果用aa序列，很多同义突变的信息都会漏掉；而亲缘较远的序列之间做align，重要的是功能保守的domain要对齐，这个时候用aa序列就比dna序列方便一点。 ?我个人来说，如果可以用dna align好就尽量用dna，这个时候要再translate到aa也方便。有的序列可能用dna 不好align我才会用aa序列align。有了alignment再做树就简单了。就我个人经验，相同的序列DNA树要可靠一点，因为aa树受自然选择影响更大（也可能是和我研究的序列相似性较高有关）。

　　氨基酸的同源性怎么看
氨基酸序列的同源性是 ： 从分子水平描述两个蛋白质分子的氨基酸序列间的相似程度，同源性 越高 分子相似度越大。

　　同源性须通过序列测定来检验

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　　如何做不同物种间核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比对
您好，建议用序列两两比对算法做不同物种间核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比对。将序列比对用于进化分析时，处于相同位置的氨基酸/核苷酸位点则被认为在进化上是同源的，并且具有共同的祖先。

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