苍蝇的越冬方式颇为复杂。既能以蛹态越冬，也能以蝇蛆、成虫方式越冬，大部分蝇种以蛹越冬，但不同蝇种、不同地区越冬的形式亦不同。苍蝇在窖、畜圈等处静伏不动，待翌春，天气转暖后即行飞出。在北方寒带、温带地区，自然界看不到活动态的家蝇，但在人工取暖的室内仍有成蝇活动，蔬菜大棚温室往往成为翌年春暖时苍蝇大量滋生的场地。在江南和部分华北地区，冬季平均温度在0℃以下，苍蝇能够以蛹态越冬，少数地区也能发现蛰伏的雌蝇和被畜禽粪覆盖的蝇蛆。在华南亚热带地区，平均气温在5℃以上，苍蝇不存在休眠状态，可以继续滋生繁殖。
家蝇
苍蝇的活动因蝇种而异，多数蝇类以蛹越冬，但越冬方式与当地的气温等条件及种类有关，主要受温度和光线两种因素的影响。蛹或成虫的越冬场所多在滋生地的附近，一般在3米的范围内，在离表面0.5厘米深的松土、垃圾中越冬，春暖后再发育。成蛹越冬多选择温暖场所，静伏不动，春暖复出。在普通民房中采用笼网养殖苍蝇是近几年来国内兴起的苍蝇农场中普遍采用的技术。
红头绳
这种技术要求在房间中设置采暖设施，否则，当秋、冬、春室内温度达不到27℃时，苍蝇的繁殖力严重下降。当房间采暖温度偏低时，尤其是北方，在冬季不得不采用使苍蝇化蛹保虫的办法过冬，致使苍蝇养殖不得不中断，经济效益大幅度下滑。在塑料大棚中养殖苍蝇成功解决了这一问题，它可使苍蝇一年四季连续生产，使养殖效益提高数倍，成为一种极有前景的技术。
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